元世祖忽必烈至元十三年(1276年)，元朝大军攻破南宋都城临安，宋理宗之妻太皇太后谢道清，抱着年仅五岁的小皇帝，以及南宋的皇室成员，出城跪迎元军统帅。南宋由此宣告灭亡。(陆秀夫等人属于南宋残余势力，不属于正统。)
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南宋灭亡之后的第二年(1277年)，党项人杨琏真迦被元世祖忽必烈任命为江南释教都总统，负责掌管掌江南一带的佛教事务。然而杨琏真迦此人并非是真正的高僧大德，而是一代妖僧，他贪图金钱美色，为了攫取财富，他打起了南宋帝王陵寝的注意。
当时杨琏真迦利用自己的独特身份，于至元十五年(1278年)，在时任宰相桑哥的默许下，悍然盗掘南宋皇帝分布在钱塘(杭州)与绍兴的南宋历代皇帝和皇后的陵寝，甚至王公大臣的的陪葬坟墓，都被发掘。
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此次盗掘行动规模非常大，据《元史·世祖本纪》记载：杨琏真迦“凡发冢一百有一所，戕人命四"，也就是一共发掘了101所坟墓，而且还杀死了四个守陵人。杨琏真迦将墓中陪葬的金银珠宝玉器等物品，全部装车运走。而把南宋皇帝们的尸骨扔到野草荒坡之中，任凭风吹雨打。
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在这些被盗掘陵墓的帝王中，宋理宗的尸骨遭遇最惨，宋理宗在位40余年，陪葬品也是极为丰富。然而杨琏真迦不仅盗光了宋理宗的陪葬品，取走了他口中含着的夜明珠，而且还把宋理宗的尸体倒挂在树上，这是为了让宋理宗肚子里面的水银流出来，以供他用。
最后杨琏真迦将宋理宗的脑袋弄下来，经过砍削加工，镶嵌上金银，制成了一件髑髅酒器，美其名曰：“帝王髑髅杯”。这件事被传得天下皆知，人人痛恨，包括后来的明太祖朱元璋。后来朱元璋起兵反抗元朝，攻破元大都(北京)，命令大臣吴勉四处寻访宋理宗头颅做成的酒器，终于找到，先埋在了城角寺，后来得到了浙江地图，找到了宋理宗陵墓的方位，将头颅物归原处了。
