独孤后嫁给文帝杨坚时才十四岁，她当时让丈夫发誓：“一生之中不能与除了她之外的任何女人生孩子。”杨坚严格遵守誓言，他的孩子全都是由独孤皇后一人所生，皇帝的私生活如此纯真，这在世界史上也是罕见的。因此隋朝后宫佳丽三千，然而形同虚设，文帝“唯皇后当室，旁无私宠”。宫中诸嫔妃宫女，也在独孤后严厉的目光下噤若寒蝉，春心冻结，无人敢冒生命之虞去与皇上调情。
据史书记载，文献皇后柔顺恭孝，谦卑自守，很受隋文帝宠爱。文帝上朝时，她与帝同辇而进，至阁乃止。候其退朝之后又一起回宫，同吃同乐同寝，相顾欢欣。平日生活俭朴，不好华丽，专喜读书，识达古今。文帝治政稍有不妥之处，她就忠心苦劝，于是做了很多有益之事。当时突厥与隋贸易，有明珠一盒，价值八百万，幽州总管殷寿让她买下，她婉言谢绝地说：“如今戎狄屡次侵犯，将士征战疲劳，不如将八百万奖赏有功之士为佳。”此举立刻朝野传闻，受到百官称赞；大都督崔长仁是文献皇后表兄，触犯国家王法，按律当处以斩刑，隋文帝看在皇后情面，有意赦免其罪。皇后进谏说：“国家之事岂可顾私。”遂将崔长仁处死；皇后异母兄弟独孤陀因滋酒逞凶残害百姓，曾受过皇后指责，故而怀恨在心，常以猫鬼诅咒皇后，按律当斩。皇后虽然气得三天没有进食，但最后还是请求文帝赦免其罪，皇后说：“如果独孤陀蠹政害民，妾不敢为其说情。但如今独孤陀是因为诅咒我而犯罪，所以我敢请求赦免他。”于是陀被免死。
