被称为明治维新之尾声的箱馆战争(1868~1869，明治元年~二年)，以虾夷(现北海道)为主要战场，常被称为日本近代史上首次以海上力量决定胜负的战争。
幕末时期海军
弘化三年(1846)，官员阿部正弘(Masahiro Abe)提出为了保障江户城的临海地带和海岸防卫，必须建造拥有坚固防御能力的军舰，但是由于锁国政策和禁止建造大型船舶的条令，他的设想无法实现。嘉永六年(1853)佩里提督带领的"黑船"启动了日本开国的历史，阿部遂取消大船禁造令，着手创设日本的海军。安政二年(1855)，在长崎建立了海军传习所，阿部提升胜麟太郎(Rinntarou Katsu，即胜海舟 Kaisyuu Katsu)任海军总指挥，次年，他以海上贸易为先导，提出"富国强兵"的政策(明治维新后，日本政府沿用这一政策，进而由于国内的经济萧条而走上了穷兵黩武的路线)。当阿部于安政四年病死之后，胜海舟继承他的意志向荷兰订购了炮舰"开阳"(Kaiyou)，并且派遣以榎本釜次郎(Kamajirou Enomoto)为首的一批海军学员出国留学，同时于神户开设海军操练所，开始为未来的海军扩张而构筑地基。到了庆应三年的时候(1867)，德川幕府已经拥有8艘军舰，虽然舰只都是从西方列强手中东买西凑、新旧不齐，但是对地方各藩还是有着压倒性的优势-当时各藩各自只拥有一、二艘军舰。
庆应三年十二月(除注明外均沿用旧历，下同)，德川幕府在倒幕战争中接连失败，主要势力几乎被扫平。紧接着，明治政府于次年(1868，明治元年)1月发动了清剿幕府残余势力的戊辰战争，政府军于伏见、鸟羽之战大破幕府军，进逼江户。4月11日，江户的胜海舟经过与西乡隆盛的会谈，决定开城投降，并且命令停泊在品川海峡的幕府海军所有舰只向政府军投降。
按照当时的海军实力对比，倒幕各藩的海军战斗舰只如下:萨摩藩2艘-"春日"(Kasuga)、"乾行"(Kennkou);长州藩1艘-"丁卯"(Teiu);肥前藩2艘-"电流"(Dennryuu)、"孟春"(Mousyunn)。政府军的以上舰只无论从数量或者性能上来说都无法和幕府军经营多年组织的舰队相比，因此幕府海军副司令榎本武扬(Takeaki Enomoto，即前文所说的榎本釜次郎)表示异议，并且率领舰队驶向安房馆山海峡。为了不刺激政府军的神经，胜海舟亲自前往馆山说服榎本将舰队带回品川海峡。经过商谈，榎本接受了一个折中提议，于4月28日将手中"观光"(Kannkou)、"富士山"(Fujiyama)、"朝阳"(Cyouyou)、"翔鹤"(Syoukaku)这四艘军舰移交给政府军，至此幕府海军还剩下四艘战斗舰只:"开阳"、"回天"(Kaitenn)、"蟠龙"(Bannryou)、"千代田形"(Chiyodagata)，另有运输舰四艘:"咸临"(Kannrinn)、"长鲸"(Cyougei)、"美嘉保"(Mikaho)、"神速"(Jinnsoku)。
然而即便如此，政府军仍旧将幕府海军看作一块心头大病，其主要原因在于幕府的主力战舰"回天"，该舰由荷兰承建，建成后由榎本武扬亲自押船回到日本，排水量2815吨，三桅风帆·蒸汽混和动力，最高速度12节，装有160毫米克虏伯长身管加农炮18门、30磅炮8门(后又加装了9门)，为当时日本最强的战斗舰。只要"开阳"掌握在榎本手中，政府军就无法压制住幕府军的海上力量。
江户开城之后，和东北部奥羽越列藩同盟旧势力合流的幕府军被政府军击溃;在江户城，政府军也只是于5月15日在上野遭到准军事武装"彰义队"的袭击，此类抵抗最后被全部击溃。奥羽越列藩同盟要求一直在品川海峡坐镇观望的榎本武扬前往援助，但由于榎本向政府军提出优待德川氏和旧幕臣的要求，正在等候回复，因此并没有予以回应。5月24日，明治政府许诺将德川氏转封到骏河，给予70万石的待遇，不过对幕府旧臣却并未宽容。8月15日，政府依照许诺安置了德川氏，至此，榎本认为已经没有必要继续镇守品川海峡。
虾夷成立
8月19日(公历10月4日，以下类推)，榎本率领舰队冲出江户湾，向仙台·松岛湾驶去。榎本表面上是去援助奥羽越列藩同盟，实际的目的是驶向虾夷，在那里建立新的根据地-这一点，榎本在4月23日已经向胜海舟作过阐述。但由于当时正值台风季节，榎本舰队于8月22日在鹿岛滩遭遇暴风袭击，舰只面临被打散的危险，不得不回到松岛湾集结。这次事故中榎本损失了运输舰"咸临"和"美嘉保"，剩余6艘舰只陆续向松岛湾集结，而且它们都遭到不同程度的损坏，需要进行修理。在榎本舰队重新集结期间，仙台藩和会津藩先后向明治政府投降，列藩同盟军基本崩溃，残余势力在松岛和幕府军的残部会合，其中也包括原陆军奉行大鸟圭介(Keisuke Ootori)和秘密警察组织"新撰组"副局长土方岁三。榎本征用了仙台藩的运输舰"大江"(Ooe)和"凤凰"(Houou)用以填补"咸临"和"美嘉保"留下的空缺，进而明确了在北方建立根据地、等待时机反攻政府军的意图。10月9日，榎本舰队装运着2500名幕府军离开松岛，于10月13日抵达陆中·宫古湾补充燃料后于18日赶赴虾夷。在幕府末期，虾夷为德川幕府直属领地，维新之后根据"王政复古"的理论建立了箱馆府。府知事清水古公考在箱馆郊外的五棱郭设立行政厅。
10月21日(公历12月)，幕府军顶着大雪，在箱馆北部的鹫之木登陆。之所以不在箱馆直接登陆，是为了避免作为国际港口的箱馆发生战斗而将外国船只和人员卷入。由于幕府军当时几近穷途末路，为了在虾夷建立稳固的政权，不得不考虑到与外国列强的关系。幕府军登陆后兵分两路:大鸟圭介率领主力沿海岸线进军-包括在仙台重新组建的新撰组(队士安富才介任临时队长)、传习士官队、传习步兵队和游击队，土方岁三率领支队沿山路向箱馆迂回-包括额兵队、冲锋队和陆军队。由于明治政府在箱馆只有1200人的驻军，和幕府军实力相差悬殊，因此基本没有进行抵抗就放弃了箱馆。幕府军大鸟队在七饭村、土方队在川汲峠和松前藩的部队进行了小规模的遭遇战，10月26日，幕府军攻占五棱郭，遂于10月27日占领箱馆。英法首先承认了幕府军在虾夷建立的新政权。
庆应四年(1868，即明治元年)12月15日，榎本武扬邀请各国领事，召开酒会庆祝"平定虾夷"。同一天宣布建立"虾夷共和国"，并且在酒会上由军官以上人员投票选举出内阁成员。有关这次酒会和选举的日期，亦有一些不同的说法，比如石井勇次郎的《戊辰战争见闻略记》中记载为12月22日，而石川忠恕的《说梦录》中则记载为12月28日。
选举的结果如下:
榎本武扬:156票
松平太郎:120票 "
永井尚志:116票
大鸟圭介:86票
松冈四郎次郎:82票 !
土方岁三:73票
根据选举结果，榎本武扬任司令、松平太郎任副司令、大鸟圭介和土方岁三同任陆军奉行。同时，"虾夷共和国"得到了列强的承认。
"洋装散发"的榎本武扬，在建立"虾夷共和国"时年仅33岁。
