乱世中的皇帝最害怕的是功勋将领的叛变，尤其在五代十国时期。李存勖也无法避免这个问题，他对功臣宿将的猜忌同样非常严重。他不仅听信宦官的谗言，诛杀了杰出的大将郭崇韬，甚至对后唐灭梁的第一功臣李嗣源也产生了杀意。
作为手握重兵、镇守重镇的大将，李嗣源本打算让义子李从珂出任北京内牙马步都指挥使，以便照顾家人。然而，李存勖却大为恼怒，认为这是李嗣源公然干涉朝政，结果将李从珂贬为突骑指挥使，远迁石门镇，并多次驳回李嗣源的入朝请求，李嗣源一旦入朝，李存勖还命令朱守殷秘密监视他。
此外，河中节度使朱友谦及其部将史武等七人，也因郭崇韬一案受到牵连，惨遭诛杀，连灭蜀功臣睦王李存乂也因此被杀害。保义军节度使康延孝，同样是灭蜀的功臣，他得知这个消息后，以为郭崇韬和朱友谦被复仇的名义，自领西川节度使和三川制置使，起兵反叛。虽然他很快兵败身亡，但这足以说明当时后唐统治已经岌岌可危。
功勋的旧将遭到残杀，朝政被宦官和伶人掌控，在这种情况下，地方的军政要员们或是怀抱野心，或是对朝廷彻底失望，或是为了自保，开始纷纷产生异心。很快，后唐各地频繁爆发叛乱。
同光四年(926年)二月，魏博的守军在贝州发生了变乱，推举裨将赵在礼为首领，攻入魏州。随后，邢州和沧州也相继发生兵变，河北陷入大乱。在元行钦平叛乱失败后，李存勖原本想亲自征讨，但在劝阻后不得不依靠李嗣源来镇压叛军。然而，当李嗣源抵达魏州城下时，却遭遇了亲兵的叛变，李嗣源转投了叛军。
李存勖不得已亲自率军东征，但此时李嗣源已经得到了许多唐军将领的支持，形势已经难以逆转，李存勖只好在行军至万胜镇后下令撤军。为了维护军心，李存勖不得不动用财富奖赏士兵，并承诺丰厚的赏赐，然而士兵们对此毫不感激，沿途逃散了大半。
这时，李存勖只剩下李继岌的军队可供利用，但李继岌因平定康延孝的叛乱而耽搁了时间。无奈之下，李存勖只能主动接近李继岌，计划在汜水关会合后再向东征讨李嗣源。
当时，统领皇帝亲卫军的是郭从谦，而郭从谦平日里视郭崇韬为叔父，且是睦王李存乂的养子。然而，郭崇韬和李存乂都被李存勖所杀，因此郭从谦早已对李存勖心生不满。眼见李存勖已经陷入众叛亲离的境地，郭从谦立即发动叛乱，率军攻击杀害李存勖。
面对禁军的叛乱，李存勖亲自率领近卫军出战，杀死了数百名叛乱军士，但最终因兵力悬殊而中了敌军的流矢，受重伤。在王全斌等十几人的拼死护送下，重伤的李存勖被扶进绛霄殿，然而不久后便因伤势过重而去世，年仅四十三岁。李存勖去世后，只有伶人善友将乐器覆盖在他的身上，纵火焚尸。这位一代英雄最终因自己的所作所为而落得如此悲惨的结局，令人深感惋惜和叹息。
