战争过程
随后，俄罗斯空军武装直升机就向盘踞在达吉斯坦共和国几个村庄内的武装分子展开了猛烈进攻。俄空军采用北约打击南联盟的模式，即利用空中优势和高科技武器对攻击目标进行远距离、高精度、无地面人员接触、尽量避免人员伤亡的军事打击。对“车独”活动基地和通讯、交通、经济设施等进行昼夜轰炸，使其瘫痪，又调集大量军队于车达边境对“车独”武装展开激战。
在此次俄军的行动中，共有6人死亡，多人受伤。此外，俄军的两架武装直升机被武装分子击毁，在遇难的机组人员中有四八七直升机团副团长、俄罗斯英雄纳伍莫夫。不久，俄军对武装分子再次展开了大规模的军事行动。据俄内务部副部长科列斯尼科夫说，“二次袭击中俄军共有10人阵亡、27人受伤。武装分子数十人被击毙，几百人受伤。俄军夺回了被武装分子占领的部分村庄”。到1999年9月14日，俄空军出动战机达1700架次，消灭了2000多名匪徒、250多个活动点和150个训练基地。
巴萨耶夫在受到如此沉重的打击后，又派出大批恐怖分子潜入俄内地，把几百吨炸药混在白糖里运进莫斯科，实行把战火引向俄内部的恐怖“掏肚战”。1999年8月31日和9月4日、9日、13日、16日车臣恐怖分子连续在莫斯科、布伊纳克斯克和伏尔加顿斯克等城市制造了一系列恶性恐怖爆炸事件。这其中9月4日在布伊纳克斯克一座军营的爆炸中炸死几十人，大多是妇女儿童。
在莫斯科连续发生了三起爆炸事件，其中最大的一起是9月13日凌晨5时许，位于莫斯科交通中心卡什尔大街六号的一座八层居民楼被爆炸夷为平地，楼内还在熟睡的数百人死伤惨重。9月16日，俄南部城市伏尔加顿斯克一幢九层居民楼被炸，100多人死伤。这些恐怖爆炸一共造成了300人死亡，很多人受伤，使整个俄罗斯陷入一片恐慌。由于广传有十几吨炸药不知藏在莫斯科哪座建筑物中随时可能爆炸，更使莫斯科人心惶惶。仅9月16日这一天，就有1000多个发现可疑爆炸物的报警电话。而“车独”恐怖分子更是连续几天在莫斯科大打恐吓电话，闹得人们愈加恐惧。
巴萨耶夫的恐怖行动彻底激怒了俄罗斯民众。普京趁热打铁，开始寻求议会的支持，拟定计划对付被指控策划了炸弹袭击事件的车臣恐怖分子。
在1999年9月14日召开的杜马会议上，普京首次提出了调整车臣局势的一套计划：第一，在与车臣交界的所有地区实行严格的临时隔离办法。但车臣仍为俄罗斯联邦的组成部分，任何损害俄罗斯领土完整的行为将被认为是非法行为;第二，必须对《哈萨维尤尔特协议》的执行情况重新进行公正的分析。分裂主义分子单方面利用1996年达成的这一协议试图解决车臣地位问题，实行国家分裂;第三，彻底消灭达吉斯坦境内的武装匪徒，车臣领导人应该将在车臣境内的匪徒移交俄罗斯方面，否则，俄罗斯将被迫越过车臣边境消灭这些武装;第四，建议由被迫生活在车臣之外的更有威信的车臣人组成车臣共和国在俄罗斯的合法代表机构。最后，普京表示只有这一系列措施实施后，才能讨论车臣未来的政治经济地位问题。通过这次会议普京向世人表明了他在车臣问题上的强硬立场。
因为普京非常清楚，如果对这场企图搞乱和分裂俄罗斯的“车独”恐怖战惊慌失措、软弱退缩，反击不力甚至再度屈服妥协，其后果必然会是：
1.车臣—印古什—达吉斯坦肯定会正式从俄罗斯分裂出去，独立成国。由此也就会引发俄境内的整个北高加索地区、俄的其它民族和边疆省份纷纷效仿“车独”的离俄独立和准独立浪潮，俄中央政权很可能控制不住局面而使俄联邦分崩离析。而这些独立出去的国家又很可能会在美国—西方和国际恐怖主义、伊斯兰原教旨主义的鼓动支持下与俄为敌。俄国内的投降卖国思潮将会更加泛滥，经济军事将会加速衰退，恐怖和犯罪活动会更猖獗，社会秩序也会更加混乱。同时阶级矛盾更加尖锐突出，俄的国家综合实力也必将更大地萎缩。
2.早就盼望投向西方加入北约的波罗的海三国和属于独联体的乌克兰、格鲁吉亚等高加索三国和哈萨克斯坦等中亚五国，甚至与俄关系最为紧密的白俄罗斯，见俄罗斯如此软弱无能，虚弱无力，连自己的国土都保卫不住，在美国西方的软硬兼施和利诱策动之下必会离俄而去。加入北约，并会按照美国的旨意给俄找麻烦，与俄作对。
3.环里海的高加索地区和中亚地区，尤其是阿塞拜疆、哈萨克斯坦、土库曼斯坦和乌兹别克斯坦四国，经探明，其石油储备有500亿至2000亿桶，石油天然气储备至少有9万亿立方米，按照1998年的价格计算，大约价值达3万亿美元，而且有大量的输油气管道要修建。如此巨大的能源财富和工程建设都在俄罗斯的势力范围之内，是俄的重要财富来源。但是一旦这些国家离去，倒向西方加入北约，如此庞大的“黑色金子”必然会流向美国和西方。而美国等西方国家在车臣问题上采取政策的企图之一，就是如俄国防部长谢尔盖耶夫所说的“削弱俄罗斯的地位，把俄罗斯赶出里海地区、高加索和中亚”。也如同一些学者认为的，就像用一把高加索匕首来切割俄罗斯这块黄油，把这一地区的矿物资源据为己有。于是原本最能得到这笔财富的俄罗斯却只能望金兴叹，无可奈何，任人宰割、瓜分和掠夺。
车臣武装
一、派系林立的车臣武装
《哈萨维尤尔特协议》停火协议签署以后，车臣地区重新恢复了和平。经过进一步的谈判，11月25日俄罗斯联邦军队司令霍鲁琴科宣布原本留在车臣常驻的205摩托化步兵旅和内务部101旅将于车臣共和国总统大选前，即1997年1月25日前撤出车臣。1996年12底，俄军基本从车臣境内撤出。俄罗斯联邦撤军之后，车臣的局势似乎又重新回到了第一次车臣战争前的状况。
俄罗斯联邦政府在历时近两年的第一次车臣战争中并没有真正解决车臣问题，而只是把难题拖延到5年之后，暂时维护了国家统一的局面。选择与车臣武装分子代表马斯哈多夫谈判，而把名义上的车臣总统扎夫加耶夫排除在外，这就是相当于联邦政府默认了“非法”的杜达耶夫政权即车臣的“独立”。车臣武装分子独立的初衷并无改变，停火之后在没有任何有效政策压制车臣的独立倾向情况之下，五年的期限就如同定时炸弹，预示着另一场战争的开始。只不过，车臣极端民族分子的活动加快了战争的步伐。
1997年1月27日，车臣共和国总统大选，马斯哈多夫获得59.3%的选票，当选为总统。其竞争对手巴萨耶夫获得23.5%的选票;“前总统”扬达尔比耶夫获得10.1%选票。本次选举共有79.4%的投票率，即513585名登记选民中有407699名参与投票。因而，这次大选普遍认为是公正有效的。5月12日，马斯哈多夫与叶利钦在莫斯科签署了俄罗斯联邦和车臣共和国《和平和相互关系原则条约》，确立在国际法原则基础上建立合作关系，不以武力作为解决问题的方式。
马斯哈多夫并不是亲俄派，其核心主张也是支持车臣“独立”。只是不同于杜达耶夫武装对抗方式的是，他希望通过和平的方式达到最终的目的。然而，这位相对温和的新任车臣合法总统并不能完全控制车臣的局势。
此时，车臣武装内部出现了分化势力，派别林立。车臣强硬派巴萨耶夫败选后被马斯哈多夫邀请成为车臣共和国总理，由于不满马斯哈多夫温和的对俄政策，很快便退出内阁，成为最具影响力的反对派。此外，另一个强硬派拉杜耶夫在2月初就宣称不承认大选结果，并将继续争取“独立”的武装斗争。他说：“在我们的领导人签署停火协议的时候，我以及杜达耶夫将军的军队，在我的领导之下与俄罗斯人进行战斗。我们从来没有也没有打算签署任何形式的和平协议……除了真主阿拉之外，没有人有权命令我们停止争取民族解放的斗争……我们决定不会宽恕俄罗斯在车臣干的勾当。”除了掌握车臣的武装实权的反对派之外，以文笔见长的扬达尔比耶夫也进入到反对的行列。2月16日，扬达尔比耶夫在格罗兹尼组织300来名支持者抗议政府行动;3月3日与拉杜耶夫一道，在车臣首都约3000余人的集会上号召车臣人团结起来、建立独立的国家。
同时，车臣境内的“瓦哈比派”伊斯兰极端势力兴起，并与马斯哈多夫的政敌结合起来成为强大的反对派。车臣人向来信奉伊斯兰教，在苏联时期宗教极端势力遭到压制，但是苏联解体后车臣伊斯兰极端势力兴起。第一次车臣战争前杜达耶夫曾经以宗教为武器号召建立伊斯兰联盟，一方面希望用伊斯兰教教义来团结车臣民众、抵抗敌人;另一方面也是希望宗教的认同感来获得富有的阿拉伯世界的支持和帮助。在政治因素的影响下，伊斯兰极端势力加紧向北高加索地区渗透。来自约旦、沙特阿拉伯和巴基斯坦等国的“伊斯兰圣战”、“穆斯林兄弟会”等原教旨主义组织成员多次由阿塞拜疆、格鲁吉亚潜入北高加索地区。他们以车臣为中心，宣扬“瓦哈比”派教义，并与车臣武装恐怖分子相勾结，为其提供资金、装备。其中最臭名昭著的哈塔卜，这位生于沙特阿拉伯的“瓦哈比派”领袖，1995年2月带着一批成员进入车臣，并成为巴萨耶夫最亲密的合作伙伴。
在车臣内部势力各派林立的情况下，马斯哈多夫已经没有正常驾驭车臣局势的能力。最初与“瓦哈比”派势力做斗争的马斯哈多夫不得不容忍宗教极端势力的膨胀。从1999年初开始，马斯哈多夫基本上失去了对国家的控制权，并多次成为被暗杀对象。1999年2月，马斯哈多夫宣布将车臣建设成为伊斯兰国家，用“沙里亚法规”治国，加速了伊斯兰教极端势力的发展。由于马斯哈多夫统治权力被削弱以及车臣伊斯兰势力的膨胀，车臣与俄罗斯联邦关系发生转变，几乎恢复到第一次车臣战争爆发前的状态。此外，车臣境内绑架外国人质以及俄联邦政府代表等犯罪活动层出不穷，然而作案的犯罪分子却总是逍遥法外。综合各方因素，第二次车臣战争就是在这一背景下展开的。
二、一场“没有结束日”的战争
第二次车臣战争主要分为三个阶段：1)俄罗斯联邦部队在达吉斯坦境内平叛;2)挺进车臣、对格罗兹尼发动总攻;3)在山区围追堵击车臣残余的武装势力。
1999年8月7日，巴萨耶夫和哈塔卜率领几千名武装分子，穿过车臣的边境潜入达吉斯坦西南部博特利赫，与当地的伊斯兰教极端势力一道控制了两个村庄。8月10日，武装分子宣布成立独立于俄罗斯联邦的，所谓的“达吉斯坦穆斯林国家”。
车臣与达吉斯坦边境一直不安宁。1999年5月开始，包括一些车臣人在内的“瓦哈比”派就在达吉斯坦不断制造事端、袭击俄罗斯军队。巴萨耶夫等车臣武装人员不满足于车臣范围内的战斗，而是将区域扩大到达吉斯坦境内。他们为达吉斯坦激进的伊斯兰势力提供支持和帮助，并且企图像19世纪时期沙米尔对抗沙皇俄国那样，建立车臣一达吉斯坦联合国家来反抗俄罗斯联邦。
在对待车臣和达吉斯坦“瓦哈比”武装分子的问题上，俄罗斯联邦斯捷帕申政府继续奉行和平政策。在发生袭击活动两天后，斯捷帕申总理下台。8月，0日普京就任俄罗斯联邦总理。面对这场对严重威胁俄罗斯联邦稳定的袭击活动，普京果断地采取反击措施。8月25日全部收复了被非法武装分子占领的村庄，并将军队调集到达吉斯坦与车臣的边界处附近。8月底俄罗斯军队集中火力一举摧毁达吉斯坦卡达尔地区的瓦哈比分子基地。
最初，对于要不要将军事活动战场移到车臣境内还存在着争议。车臣总统马斯哈多夫否认参与达吉斯坦袭击活动，但是他也没有对袭击活动进行谴责，引起俄联邦政府不满。9月初，在莫斯科和达吉斯坦境内发生了多起社区楼房爆炸袭击事件，造成大量平民死亡，而对这些事件的调查结果都指向车臣。为此，9月中旬，在俄罗斯联邦政府肃清了卡达尔地区的“瓦哈比”势力后，俄联邦军队封锁车臣，中断车臣的铁路和航空运输，切断车臣境内能源和通信网络，关闭石油和天然气管道。
9月29日，普京表示与马斯哈多夫谈判的前提条件是：“1)马斯哈多夫应该旗帜鲜明地谴责恐怖主义;2)解除车臣境内武装团伙;3)将犯罪分子引渡到莫斯科”。9月30日，俄军坦克从东、北、西三个方向向车臣开进、并对车臣境内大坝、油田、桥梁进行空袭。10月1日，普京宣布不再承认马斯哈多夫政权。与第一次车臣战争不同的是，这次战争得到了俄罗斯社会舆论的一致支持，舆论都倾向支持武力解决车臣恐怖主义问题。
1999年12月，车臣境内大部分区域都被俄罗斯联邦军队控制，并形成了对格罗兹尼的包围。俄军组建了以布尔加科夫将军为首的“格罗兹尼市特区集群”，直接用于这场战役。12月26日开始执行战斗任务。为了避免可能产生的重大伤亡，快速、短兵相接的作战计划被否决，而是采取缓慢推进的战术、采取动用炮兵和空军对非法武装队伍的防御枢纽系统实施点状打击。为了督促武装人员自动放下武器。俄军运用了各种方法：“在市区上空撒传单，通过情报机构向其战地指挥官派去一些车臣人(先前的‘叛匪’)，让他们设法劝说‘动摇分子’放下武器”。
2000年，月31日，联邦部队夺取了米努特卡广场。车臣武装分子的防卫被粉碎、主力被消灭。俄军在全城范围内围捕残余的武装分子。为对付那些突围的车臣武装分子，联邦军队精心设计了“捕狼陷阱”，即运用无线电系统散播假情报，使武装分子误以为包围圈上存在缺口可以突破。而联邦军队就在那些设计好的路线上“守株待兔”。然而，俄军的“捕狼”运动并没有捉住巴萨耶夫。巴萨耶夫带着重伤成功地逃离了格罗兹尼。2月6日，联邦军队全面控制了格罗兹尼。
2000年2月之后，联邦军队主要在山区继续围剿车臣武装人员。山区中大约还剩5000余名武装分子，2000年3月4日开始，俄罗斯联邦发动了最后一场大战，拉杜耶夫的主力被歼灭。3月12日，拉杜耶夫被擒。山区残余的武装分子大多采用游击战法：“打冷枪”、爆炸、伏击，在道路上埋地雷等。2000年3月之后基本上没有大战，联邦军队进入了旷日持久的搜捕武装头目行动。但是，总体上，车臣大部分地区恢复了平静。2000年6月，车臣临时政府产生，卡德罗夫被任命为车臣地区领导人。
2001年1月22日，俄总统普京宣布俄军全面从车臣撤军。但是，大约1。5万人组成的配备现代化战斗技术装备的第42摩托化步兵师以及内务部一个大约5千人组成的旅将长期驻守车臣。第二次车臣战争由此告一段落。
根据俄武装力量总参谋部的资料，从1999年10月1日到2001年2月1日，第二次车臣战争造成俄军阵亡2728人，受伤7971人。俄军消灭了近2万名车臣武装人员。
与第一次车臣战争边战边谈、最后通过交战双方签署停火协议结束战争不同的是，第二次车臣战争是一场没有宣布结束日期的战争。普京“绝不让步”的强硬态度和果断的政策主导了战争的方向。
第二次车臣战争对俄罗斯有利的是：它摧毁了自1991年以来的就实际存在的车臣“独立”政权;纠正了《哈萨维尤尔特协议》中的“车臣地位未定论”;基本控制住了车臣局势、防止车臣从俄罗斯联邦内部分裂出去的危险。但是，另一方面，因车臣战争带来的重大伤亡给许多车臣人的生活蒙上了阴影;一些车臣极端民族独立分子彻底走向了恐怖主义，专门从事恐怖袭击活动。俄罗斯中央强硬的政策使得第二次车臣战争俄军作战效率很高、对车臣反抗武装打击深度和广度比前一次有很大提高。因而造成许多包括平民在内的车臣人死亡，有些车臣人认为这是一场“大屠杀”。一些在战争中失去家人的车臣妇女组织“黑寡妇”自杀式袭击等形式的恐怖活动，导致俄罗斯社会长期不得安宁。
两次车臣战争结束之后，车臣问题并没有彻底解决。车臣独立武装采取更趋极端的恐怖主义袭击活动：2002年10月23日的“莫斯科轴承厂文化宫事件”造成129名人质丧生;2004年5月，车臣共和国总统“卡德罗夫被炸身亡事件”，2004年9月震惊全球的“别斯兰人质事件”，共造成335人死亡，其中包括156名儿童。这一系列恐怖事件使车臣给世人的印象简直就是恐怖和危险的制造地。“今天任何一个俄国人听见‘车臣人’三个字就会战栗，会想起报纸和电视介绍的这些人的劫掠行为。‘车臣’成了冷酷无情的，甚至靠收买也无法制服的暴力的同义词。”
