米歇尔·福柯1926年出生于法国普瓦捷的一个乡村家庭，其父保罗是一个内科医生。他的原名是保罗-米歇尔·福柯，后来他将名字中的保罗放弃了，这可能和他同他父亲之间相当紧张的关系有关。他一开始的成绩中上，但当他进入耶稣会办的一个中学后，他的成绩十分优秀。在这段时间里，普瓦捷属于维希法国，后来被德国占领。战后，福柯进入了法国最负盛名的巴黎高等师范学院，这是法国传统的通向学术生涯的门户。
福柯在巴黎高等师范学院的时间对他来说是非常重要的，当时法国对德国哲学家如黑格尔、胡塞尔、海德格尔和尼采的兴趣越来越强，福柯的教授之一，让·伊波利特(Jean Hyppolite)，是一位非常有名的翻译家和德国哲学的专家。梅洛·庞蒂当时也在巴黎高等师范学院教学，他对于存在主义和现象学的课程在包括福柯在内的一部分学生中非常受欢迎。在他在巴黎高等师范学院的后期，他与法国最著名的哲学家和科学史学家之一，乔治·冈圭朗(Georges Canguilhem，又译为乔治·康吉莱姆、乔治·康奎荷姆)，建立了关系。
福柯在巴黎高等师范学院的私人生活并不快乐，他患有严重的忧郁症，甚至企图自杀。他受到一个心理学家的看护。虽然如此，或者正因为如此，他对心理学非常感兴趣。因此他不但得到了哲学的教育，而且还得到了心理学的教育，他甚至参加了这门学科的临床实践，在那里，他与路德维希·宾斯万格尔(Ludwig Binswanger)等思想家接触。
最后福柯还受到了马克思主义的影响，如其他许多巴黎高等师范学院的学生，他在1950年至1953年间是法国共产党员。他是被他的教师阿尔都塞介绍进去的。与其他许多人相同，他因为斯大林统治下的苏联的情况退出了共产党。与其他许多人不同的是他从未参加过共产党的活动。
1950年福柯通过毕业考试，他在巴黎高等师范学院教了一段时间书，但他对此并不感兴趣，因此他很快就离开了法国。他的一个教师和朋友乔治·杜梅齐尔(Georges Dumezil)为他找到了一个在瑞典乌普萨拉大学作为法国文化代表的职位，从1954年到1970年他在乌普萨拉大学、在波兰华沙和在德国汉堡大学充当文化代表。此后他到法国克莱蒙费朗第一大学教哲学，在那里他遇到了丹尼尔·德菲(Daniel Defert)。只要他在法国，他后来就一直与德菲(Daniel Defert)生活在一个非单配性的关系中。
早在巴黎高等师范学院期间，福柯即表现出对心理学和精神病学的极大兴趣，恰好他父母的一位世交雅克琳娜·维尔道(Jacqueline Verdeaus)就是心理学家，而雅克琳娜的丈夫乔治·维尔道则是法国精神分析学大师雅克·拉康的学生。因此，在维尔道夫妇的影响下，福柯对心理学和精神分析学进行了系统深入的学习，并与雅克琳娜一道翻译了瑞士精神病学家宾斯万格尔(Ludwig Binswanger)的著作 《梦与存在》 。书成之后，福柯应雅克琳娜之请为法文本做序，并在1953年复活节之前草就一篇长度超过正文的序言。在这篇长文中，他日后光彩夺目的写作风格已经初露端倪。1954年，这本罕见的序言长过正文的译作由德克雷·德·布鲁沃出版社出版，收入《人类学著作和研究》丛书。同年，福柯发表了自己的第一部专著《精神病与人格》，收入《哲学入门》丛书，由法国大学出版社出版。福柯后来对这部著作加以否定，认为它不成熟，因此，1962年再版时这本书几乎面目全非。
1955年8月，在著名神话学家乔治·杜梅齐尔(Georges Dumezil)的大力推荐下，福柯被瑞典乌普萨拉大学聘为法语教师。在瑞典期间，福柯还兼任法国外交部设立的“法国之家”主任，因此，教学之外，他花了大量时间用于组织各种文化交流活动。在瑞典的3年时间里，福柯开始动手撰写博士论文。得益于乌普萨拉大学图书馆收藏的一大批16世纪以来的医学史档案、书信和各种善本图书，也得益于乔治·杜梅齐尔(Georges Dumezil)的不断督促和帮助，当福柯离开瑞典时《疯癫与非理智——古典时期的疯癫史》 已经基本完成。
1958年，由于感到教学和工作负担过重对，福柯提出辞职，并于6月间回到巴黎。两个月后，还是在乔治·杜梅齐尔(Georges Dumezil)的帮助下，同时也因为福柯在瑞典期间表现的出色组织能力，他被法国外交部任命为设在华沙大学内的法国文化中心主任。这年10月，福柯到达波兰，不过他并没有在那儿待太久，原因倒也富于戏剧性：他中了波兰情报机关的美男计。福柯从很早时候起就是同性恋，对此他倒不加掩饰，就个人生活而言，这位老兄显然够得上“风流”的美名。然而50年代正是东西方冷战正酣之时，两方都在挖空心思的相互刺探。恰恰在1959年，法国驻波兰大使馆文化参赞告假，大使本已有心提拔福柯，便一面让他代行参赞职务，一面行文报请正式任命。所以波兰情报机构乘虚而入，风流成性的年轻哲学家合当中计。
离开波兰后，福柯继续他的海外之旅，这一次是目的地是汉堡，仍然是法国文化中心主任。1960年2月，福柯在德国最终完成了他的博士论文。这是一本在厚度和深度上都同样令人咋舌的大书：全书包括附录和参考书目长达943页，考察了自17世纪以来疯癫和精神病观念的流变，详尽梳理了在造型艺术、文学和哲学中体现的疯癫形象形成、转变的过程及其对现代人的意义。按照惯例，申请国家博士学位的应该提交一篇主论文和一篇副论文，福柯因此决定翻译康德的《实用人类学》并以一篇导言作为副论文，虽然这一导言从来没有出版，但福柯研究者们发现，他后来成熟并反映于《词与物》、《知识考古学》中的一些重要概念和思想，在这篇论文中其实已经形成。
应福柯之请，他以前在亨利四世中学的哲学老师，时任巴黎高等师范学院校长的让·伊波利特(Jean Hyppolite)欣然同意作副论文的“研究导师”，并推荐著名科学史家、时为巴黎大学哲学系主任的乔治·冈圭朗(Georges Canguilhem，又译为乔治·康吉莱姆、乔治·冈奎莱姆)担任他的主论文导师。后者对《疯癫史》赞誉有加，并为他写了如下评语“人们会看到这项研究的价值所在，鉴于福柯先生一直关注自文艺复兴时期至今精神病在造型艺术、文学和哲学中反映出来的向现代人提供的多种用途;鉴于他时而理顺、时而又搞乱纷杂的阿莉阿德尼线团，他的论文融分析和综合于一炉，它的严谨，虽然读起来不那么轻松，但却不失睿智之作……因此，我深信福柯先生的研究的重要性是毋庸置疑的。” 1961年5月20日，福柯顺利通过答辩，获得文学博士学位。这篇论文也被评为当年哲学学科的最优秀论文，并颁发给作者一枚铜牌。
还在福柯通过博士论文答辩以前，法国克莱蒙费朗大学哲学系新任系主任维也曼在读完《疯癫史》手稿后，即致函尚远在汉堡的作者，希望延聘他为教授。福柯欣然接受，并于1960年10月就任代理教授，1962年5月1日，克莱蒙-费朗大学正式升任福柯为哲学系正教授。在整个60年代，福柯的知名度随着他著作和评论文章的发表而急剧上升：1963年《雷蒙·鲁塞尔》和《临床医学的诞生》 ，1964年《尼采、弗洛伊德、马克思》以及1966年引起极大反响的《词与物》。
1968年5月事件促使法国教育行政当局反思旧大学制度的缺陷，并开始策划改革之法。作为实验，1968年10月间，新任教育部长艾德加·富尔决定在巴黎市郊的万森森林兴建一座新大学，它将拥有充分的自由来实验各种有关大学教育体制改革的新想法。福柯被任命为新学校的哲学系主任。但是，万森很快就陷入无休止的学生罢课、与警察的临街对峙乃至火爆冲突中，福柯的哲学系也在极左派的吵嚷声中成为动乱根源。在万森两年，是使福柯感到筋疲力尽的两年。
1970年12月2日，对福柯来讲是一个具有纪念意义的日子，这一天，他走上了法兰西学院高高的讲坛，正式就任法兰西学院思想体系史教授。进入法兰西学院意味着达学术地位的颠峰：这是法国大学机构的“圣殿中的圣殿”。
在法兰西学院的就职演讲里，福柯赞扬了从不同角度影响其思想的三个人：让·伊波利特(Jean Hyppolite)、乔治·冈圭朗(Georges Canguilhem)和乔治·杜梅齐尔(Georges Dumezil)，福柯对他们表示了诚挚的敬意。
70年代的福柯积极致力于各种社会运动，他运用自己的声望支持旨在改善犯人人权状况的运动，并亲自发起“监狱情报组”以收集整理监狱制度日常运做的详细过程;他在维护移民和难民权益的请愿书上签名;与萨特一起出席声援监狱暴动犯人的抗议游行;冒着危险前往西班牙抗议独裁者佛朗哥对政治犯的死刑判决……。所有这一切都促使他深入思考权力的深层结构及由此而来的监禁、惩戒过程的运作问题。这些思考构成了他70年代最重要一本著作的全部主题——《规训与惩罚》。
福柯的最后一部著作《性史》的第一卷《求知意志》在1976年12月出版，这部作品的目的是要探究性观念在历史中的变迁和发展。福柯对这部性的观念史寄予厚望，并以务求完美的态度加以雕琢，大纲和草稿改了一遍又一遍，以至最终文本与最初计划相差甚大。这又是一部巨著，按照福柯最后的安排，全书分为四卷，分别为《求知意志》、《快感的享用》、《自我的呵护》、《肉欲的告赎》。可惜的是，作者永远也看不到它出齐了，1984年6月25日，福柯因艾滋病在巴黎萨勒贝蒂尔医院病逝，终年58岁。 福柯后来在美国待了很久，首先在水牛城大学，后来在加州大学伯克利分校。福柯在旧金山的同性恋社群中，犹其在BDSM社群中的活动使他染上了艾滋病，因为当时人们还不知道这种病。1984年福柯逝世于巴黎，一开始一些他的朋友和家庭成员否认他死于艾滋病。
